下载PDF
DataDirect Networks > 实例探究 > 加速生命科学
DataDirect Networks Logo

Accelerating Life Sciences

技术
  • 分析与建模 - 大数据分析
  • 基础设施即服务 (IaaS) - 云存储服务
适用行业
  • 医疗保健和医院
  • 生命科学
适用功能
  • 产品研发
  • 质量保证
用例
  • 机器状态监测
  • 预测性维护
服务
  • 数据科学服务
  • 系统集成
挑战
英国公共卫生部 (PHE) 成立的目的是将来自 70 多个组织的健康专家整合到一个公共卫生服务机构中。PHE 的使命是保护和改善国民健康,同时减少健康不平等。PHE 的 MS 生物信息学部门参与建立了下一代测序 (NGS) 服务,该服务提供对病原体全基因组进行测序的方法。该序列可用于表征和分类病原体,进而可用于识别和监测当地和全国的疫情。相同的序列还可以帮助科学家更好地了解细菌和病毒的进化或预测抗生素耐药性模式的趋势。为了更好地支持其 NGS 分析服务,PHE MS 寻求一种高性能计算 (HPC) 系统,该系统能够同时处理从医院和其他利益相关者收到的数百个细菌样本。
关于客户
英国公共卫生部 (PHE) 是英国卫生部的一个执行机构。PHE 成立于 2013 年,其使命是保护和改善国民健康,同时减少健康不平等。PHE 拥有 5,500 多名员工,其中大多数是科学家和公共卫生专业人员,致力于通过研究、分析和指导政府实体以及支持地方政府、国家医疗服务体系和其他组织的行动,使公众更加健康。例如,PHE 一直在密切监测 2014 年西非埃博拉病毒疫情,这是该疾病已知的最大疫情,以评估对英国的风险并确保建立机制来检测和应对全国范围内的任何异常感染。
解决方案
为了实施理想的解决方案,PHE 与 OCF 合作,后者是一家拥有强大合作伙伴生态系统和成熟 HPC 专业知识的集成商。在性能和弹性方面,存储是决策过程中的关键部分。在存储方面做出选择非常复杂,因为组织必须拥有正确的软件组合才能经济高效地实现所需的性能。软件的复杂性以及系统的维护、扩展和管理系统的方式都是最终决策的因素。因此,PHE 部署了 DDN 的 SFA10K EXAScaler 存储设备,该设备具有 Lustre 并行文件系统和 300TB 的高性能存储。该团队与 OCF 合作实施了 DDN 的 SFA 高性能存储系统,以支持其 NGS 服务将生成的大量研究数据。部署后不久,PHE 选择了容量为 360TB 的 DDN WOS 对象存储平台,既可用作宝贵公共数据的活动存档,也可用作其主要站点的异地备份。
运营影响
  • The initial phase of the sequencing service relies on two Illumina HiSeq and two MiSeq sequencing machines to generate massive amounts of DNA sequence data from diverse bacteria and virus samples.
  • Previously, PHE relied on dedicated scientific workstations, which could process about a dozen samples at a time. Now, the central bioinformatics core group takes advantage of robust parallel I/O performance to process 192 samples simultaneously-in approximately the same time it took previously to process 12 samples.
  • The real game changer is the ability to process 200 samples in parallel without any performance hits. With a computing cluster and DDN's high-performance parallel storage, results from 200 samples can be turned around in hours instead of days.
数量效益
  • The system can process 192 samples simultaneously in approximately the same time it took previously to process 12 samples.
  • Results from 200 samples can be turned around in hours instead of days.

相关案例.

联系我们

欢迎与我们交流!

* Required
* Required
* Required
* Invalid email address
提交此表单,即表示您同意 IoT ONE 可以与您联系并分享洞察和营销信息。
不,谢谢,我不想收到来自 IoT ONE 的任何营销电子邮件。
提交

Thank you for your message!
We will contact you soon.